ديگرى از تفكر ولايت فقيه شكل گرفت و به مثابه يك نظريه علمى در فقه ظاهر شد و با احاديث پيش گفته ، اين نظريه مورد استدلال - ولو به اختصار - واقع گرديد و از صلاحيت‌هاى فقيه در تصدى امور عامه بيشتر سخن به ميان آمد . سپس در نيمه نخست قرن سيزدهم قمرى مرحله برجسته اين نظريه آغاز شد و ملا احمد نراقى ( متوفى 1245 ق ) و مير عبدالفتاح مراغى ( متوفى 1266 ق ) با نگارش رساله‌هاى مستقل پيرامون ولايت فقيه و ولايت حاكم ، آن نظريه را غناى بيشتر بخشيده و پايه‌هاى آن را مستحكم‌تر نمودند . رويكرد برجسته و تفصيلى به مسأله ولايت فقيه در آثار فقهاى پس از ايشان كم و بيش پيگيرى شد و حوادث سياسى جهان تشيع نيز همانند لزوم دفاع از سرزمين‌هاى شيعيان و جريان مشروطيت ، در توجه فقها به اين بحث تأثير جدى نمود . امام خمينى ( س ) نيز پس از آن‌كه به صورت متفرقه و مختصر در دروس خارج فقه و اصول خويش و در « كشف اسرار » به ولايت فقيه پرداخته بودند ، در مباحث « كتاب البيع » در حوزه علميه نجف اشرف در سال 1389 ق - 1348 ش بحث ولايت فقيه را مستقلًا و مفصلًا و با رويكردى كاملًا فقهى - سياسى و ناظر به زندگى مسلمانان و پيروان اهل بيت عليهم السلام مطرح كردند . ايشان در حالى كه در متن مبارزه با حكومت طاغوتى و ظالم پهلوى بوده و دوران تبعيد خود را در نجف سپرى مىكردند ، نظريه ولايت فقيه را به عنوان نظريه‌اى سياسى و حكومتى براى برون رفت از سلطه حكومت ديكتاتورى و وابسته پهلوى ارائه دادند . نكته برجسته‌اى كه در تبيين ديدگاه امام در طرح نظريه ولايت فقيه بايد ذكر كرد اين است كه ايشان در آغاز با تبيين ابعاد اسلام ، اين مكتب الهى را منحصر در امور فردى يا معنوى و اخروى نمىدانند ، بلكه اسلام را دين زندگى و براى ادارهء انسان معرفى كرده و بر همين اساس براى اثبات حكومت اسلامى و ولايت فقيه ، در گام اول به سراغ احاديث و روايات - كه مناقشات سندى و دلالتى در آن‌ها مطرح بوده -